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上司と散々話した結果、退職も正式に決まりました。
退職日について上司から「会社の辞令を受け入れられないようであれば、3月末日で退職してください」
と言われました。

会社の辞令を受け入れられないようであれば、そうなると思うのですが、
20日ほど余っている有給休暇を使うことはできないのでしょうか？

また、4月1日で入社3年となり、退職金を支給される資格がもてます。
退職日は、3月末日だと退職金でさえももらえない状況です。

異動するのであれば、業務の引継ぎ等のため、実際の転勤は、4月の第2週になる予定でした。

退職金については、4月1日入社であれば、3月末で丸3年ですから、退職金の支給対象になると思うんですが、もう一度、
社内規程を確認してみてください。

異動について言えば、嫌がらせや報復を目的とするもの、生活に支障をきたし、著しい不利益を与えるもの、健康面で問題の
ある社員を遠隔地に異動させるもの、人選の基準が合理的ではないもの、思想・信条による差別的なもの、不当労働行為に
あたるものなどは権利濫用で無効とされます。
あなたの場合は、どうでしょうか？

本来、就業規則には会社の指示に従うことが明記されており、法的にはあなたはその規定に従うことを承諾している見做されて
います。従って、上に書いたような権利濫用としての異動ではない限り、合理的な理由なく会社の指示に従わないということであ
れば、今回のように退職せざるを得ないことになりますよね。

問題は、この退職が、解雇なのかと言うことです。

解雇は、使用者側からの労働契約の解除ですから、労働基準法による制約（30日前に予告するか、30日分以上の解雇予告
手当の支払い）があります。
つまり、あなたが会社の指示に従わないことを理由として「解雇」するのであれば、会社が解雇の意思を表示してから、30日経た
なければ解雇はできないことになります。
ということは、3月末に退職してくれと、いつ言われたのかが問題になります。

また、任意退職（解約告知）であれば、告知日数（民法により2週間）を経過しなければ労働契約は終了しませんが、双方合意
で解約する場合は、2週間に満たなくても労働契約を終了させることができます。
したがって、あなたから退職を申し出て、3月末の退職を承諾したのかどうかが問題になります。

もし自分の希望する退職日でなく相手が「いつまで」と押し付けたら、
それは自己都合ではなく解雇になります。
１ヶ月以内の解雇の場合、１ヶ月分の給与を支払う義務があります。
また有給は会社が与えるものではなく、法律上与えられる義務ですので消化できます。